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La toponimia de Nochixtlán gira en torno de un diminuto insecto llamado Nduko, en náhuatl Nochiztli y en castellano grana o cochinilla.
Fue fundado el viejo Nochixtlán por Ndazahuidandaa, aproximadamente en el año 909 de nuestra era, como guarnición militar mixteca, según el calendario mixteca en el año 3 casa 4 conejo (1521) (1522), fueron años trágicos para el viejo Nochixtlán porque desapareció físicamente, sus habitantes fueron diezmados por enfermedades como el cólera, la peste, el sarampión y la viruela.
El nuevo Nochixtlán fue fundado en el año de 1527 por Francisco de Orozco y 50 sobrevivientes mixtecas, todos ellos hombres cultos dedicados al comercio de la grana o cochinilla, por lo que en la época colonial a Nochixtlán se le conoció como «el pueblo de los comerciantes».
En el año 997 Quetzalcóalt «serpiente emplumada» llegó a la mixteca difundiendo la ciencia, el arte y la cultura. En 1997 según los códices se cumplieron 1,000 años, por lo que se espera el gran acontecimiento.
De igual manera el año de 1997 se cumplen 75 años de educación popular en México, promovida por el hijo predilecto de Nochixtlán Abraham Castellanos Coronado quién fuera profesor, poeta, filósofo y escritor; nació en esta ciudad, enfatizó de los valores intelectuales de la cultura oaxaqueña legándonos su famoso lema: «Para formar patria, el secreto está en la educación de las masas populares» (1871-1918). El 23 de febrero de 2021 el municipio cumplió 123 años de ser cabecera de Distrito. Nochixtlán a través de la Historia
